Años después, Mewtwo vive escondido en un lugar remoto de la región de Johto junto a los demás clones,pero Giovanni, que no se olvidó de él, logra encontrarle y se dispone a ir en su búsqueda. Ash, Brock y Misty llegan a un lugar llamado Monte Pureza, por la pureza del río que pasa por allí. Ellos tienen previsto coger el autobús que lleva a la próxima ciudad, pero llegan tarde y lo pierden. Por suerte conocen a una investigadora Pokémon llamada Luna Carson que les deja alojarse en su casa hasta que pase la tormenta y llegue el próximo autobús. Ahí la investigadora les da de beber agua del Río Pureza. Misty y Brock quedan sorprendidos, pero Ash no. Al poco tiempo llegan a casa de la investigadora una pareja de científicos llamados Cullen Calix y Domino con la intención de estudiar la pureza del agua del río. En ese momento, Jessie yJames del Team/Equipo Rocket aparecen y roban alPikachu de Ash. Este sin pensárselo dos veces decide seguirles para recuperar a su Pokémon, en compañía de Brock, Misty y los tres científicos. Cuando Ash está a punto de recuperar a Pikachu, uno de los científicos (Domino) se descubre como un miembro de la élite del Team/Equipo Rocket y destruye el globo de Jessie y James haciendo que todos caigan en el lago del Monte Pureza.
