Ash Ketchum, Misty y Tracey viajan en un barco y comienza una tormenta provocada por fuerzas misteriosas. Milagrosamente embarcan en una isla llamada Shamouti; sus leyendas cuentan que si el equilibrio de las tres aves legendarias estuviera amenazado el elegido aparecería en esta isla. una chica llamada Melody baja hacia donde nuestros héroes recibiendo a Ash con un beso.

Melody invita a Ash a una fiesta donde le cuentan la leyenda de Articuno,Zapdos y Moltres. le dicen que ellos mantienen la naturaleza de la tierra gobernada por los elementos: fuego, eléctrico y hielo. Los tres han vivido en armonía durante siglos la coexistencia pacífica de estas aves poderosas se verá interrumpida, desatando los elementos y provocando el caos en el mundo. Sólo el Elegido tendrá el poder de restablecer el poder en el mundo. Este quebrantamiento de la armonía se lleva a cabo porque un coleccionista de Pokémon intenta atrapar a las aves legendarias para que así aparezca su verdadero objetivo,