Ash, por su parte, es invitado junto con sus amigos a una competencia Pokémon, que se realiza en una extraña isla... pero un repentino temporal se desata sobre toda la ciudad.
Ash no se da por vencido, junto con un mínimo grupo de entrenadores expertos decide atravesar el temporal valiéndose de sus Pokémon.
El creador de esta competencia es el maligno Pokémon psíquico, Mewtwo. El quería robar los Pokémon de los mejores entrenadores para clonarlos por otros más fuertes.
El equipo Rocket cumple un papel importante dentro de la película, ya que son ellos los que descubre el nuevo centro de clonación. Más tarde llegará Mew, el Pokémon legendario, y se enfrenatará contra Mewtwo por la libertad de los Pokémon.
La gran batalla comienza: Ash y los otros entrenadores con sus Pokémon contra los clones de los mismos.
